载机舰的核心玩法在于合理配置舰载机生产线和选择适配的飞机类型。首先需要把基地扩建到5本并解锁舰载机生产线，进入基地界面点击战舰生产，选择可生产的舰载机型号进行制造。生产完成后，点击舰队中的载机型战舰（如皮克斯红星、特斯拉或黑洞级），在配置界面将造好的飞机拖入搭载槽位。注意每艘载机舰的搭载数量有限，比如谷神星级载机驱逐舰只能带2架中型战机，而航母类舰船能携带更多。
初期系统赠送的猎鹰战机适合新手过渡，侧重生存能力；中期解锁的红尘行者擅长削弱敌方护盾；后期强力的熵级机器人或天启者则能爆发高额伤害。不同类型的飞机有明确分工，防空型优先拦截敌机，轰炸型专注攻击舰船，治疗型能为友军恢复血量。建议根据当前舰队短板来搭配，比如主力舰队缺防空就多带林鸮护航艇，需要快速清场则配置鹰羽之舞等高攻战机。
技术值优先点满载机攻击力和命中率提升，其次是缩短舰载机返回冷却时间。载机驱逐舰如谷神星级还需强化维修能力，确保战机返航后能快速修复。注意部分载机舰自带特殊效果，比如黑洞级的后勤支援或曙光之翼的群体增益，这些特性会影响舰载机的实战节奏。
舰载机容易被防空火力针对，开战前先侦察敌方舰队构成，如果对面有大量防空驱逐舰，就让载机舰保持距离或更换为远程轰炸机。多利用包夹战术，让高速载机舰绕后攻击敌方后排。载机舰本身较脆弱，需要搭配前排肉盾保护，避免被敌方突击舰贴脸。
