运输船是跨水域运输部队的核心单位，其运作机制涉及多个关键环节。运输船的使用前提是玩家需拥有15级主城并解锁兵工厂，同时需占领海港城市建造海军基地。陆军部队需从陆军基地调出至港口附近，通过点击部队选择进入海军基地指令自动装载至运输船。需重型坦克等大型单位无法通过运输船运输，仅支持步兵、轻型装甲等小型单位。运输过程中无需操作，但需规划安全航线避免敌方拦截。
运输船的航线安全是成功投送兵力的关键因素。海上运输面临的主要风险来自敌方海军舰队和空中打击，因此护航舰队配置必不可少。建议为运输船编组驱逐舰或巡洋舰作为护航，同时利用侦察机提前探查航线敌情。若运输船在航行途中遭遇攻击，系统会提示玩家进行战术调整，但若被击沉则运输任务失败且部队全损。运输船抵达目标港口后，卸货为自动过程，无需额外操作，但需确保目标港口处于我方控制下，否则可能触发战斗事件。
运输船与其他运输方式相比具有显著优势。相较于陆军行军搭桥过河，运输船能避免部队士气损耗，落地即可投入战斗；相比运输机，运输船的运载量更大且成本更低，适合大规模兵力投送。但运输机的速度优势更适用于紧急支援，因此需根据战局需求选择运输方式。运输船在远距离跨海作战中不可替代，尤其针对岛屿或沿海城市的攻防战，多艘运输船同步作业可显著提升战略机动性。
后期运输船的高效运用需结合军团系统与战术策略。军团城市可生产高级运输船，提升运载量和防御属性。建议在发动大规模登陆战时，采用佯攻牵制+主力登陆的战术，利用部分运输船吸引敌方舰队，主力船队则选择隐蔽航线迂回登陆。运输船卸载期间最脆弱，需提前在目标区域部署防空炮和岸防炮，或使用干扰射击等策略降低敌方攻击效率。
