植物种子的使用主要分为采集、种植和功能应用三个核心环节。玩家首先需要通过特定方式获取种子，例如装备化种匣后采集植物可额外获得对应种子，或在稻妻声望达到3级后完成世界任务栽种之法获得基础种植道具。种子的获取途径多样，包括野外采集、任务奖励以及商店购买等方式，不同类型的种子对应不同的植物品种，玩家需根据需求针对性收集。
种植环节需要玩家进入尘歌壶系统，与阿圆对话购买田地并放置于合适位置。田地分为多种类型，每种田地对应特定类别的植物种子，例如薿此芝田适合种植稻妻地区特有植物。将种子放入田地后，植物会进入生长周期，成熟后即可收获对应资源。种植过程无需持续在线管理，但需注意种子存在收集上限，超过数量后将无法继续获取新种子。种植系统为玩家提供了稳定的资源获取渠道，减少了反复野外采集的时间消耗。
除常规种植外，部分特殊种子具有独特功能。草种子在须弥地区可用于激活机关、破除屏障或清除死域，召唤方式为点击枯木树墩；雷种子在稻妻区域能协助穿越若雷结界、激活雷极快速移动；风种子则可制造风场辅助攀爬或滑翔。这些功能性种子通常有持续时间限制，且离开特定区域会失效，使用时需注意环境适应性。功能性种子的合理运用能显著提升探索效率，解决部分谜题挑战。
种子系统的深度应用涉及元素反应和战斗辅助。携带雷种子时，雷元素角色可触发额外落雷攻击；草种子能通过重击触发协同草元素伤害；风种子则能降低滑翔体力消耗。部分种子还具有环境交互特性，如岩种子用于特定解密，水种子可增强治疗效果。种子在战斗中的效果虽不直接影响主流玩法，但能为特定场景提供战术补充，丰富游戏策略维度。
