明日之后第三季的副本主要分布在红杉茶会、隐匿工厂、控制大楼、寂海沉舟等区域。这些副本需要玩家达到特定采集等级才能解锁，例如红杉茶会要求采集等级90级，隐匿工厂需要60级准入条件。副本入口通常位于地图特定位置，如红杉茶会在红杉镇区域，隐匿工厂则需完成前置任务获得入场券。
副本分为多个阶段推进，每个阶段有明确任务目标。以红杉茶会为例，第一阶段需突破强袭帮据点的栅栏、地雷等障碍，第二阶段潜入据点暗杀成员，第三阶段击败首领获取线索。隐匿工厂则需要破解密码门、解救机械人、激活电源等系列任务。副本内存在机关陷阱和特殊敌人，需要观察行为模式针对性应对。
副本战斗需合理配置装备和团队分工。推荐使用仿生菌焰喷火器、雷托霰弹枪等范围武器应对群怪，狙击枪针对高处敌人。护甲需达到五星标准，携带凝固剂和氨基酸营养液维持状态。团队中应明确破盾、输出、救援等职责，利用喷气背包等特殊道具应对地形挑战。注意副本存在耐久减免机制，但无法使用护盾。
副本奖励包括战斗熟练度、精密透镜、新币等基础物资，首次通关必得配方资料。评级系统根据通关时间划分，12分钟内为SS级，16分钟为S级。特殊变异体掉落的无主宝箱可开出软质兽皮等稀有材料。每日首次通关奖励最丰厚，重复挑战需消耗奖励券。红杉茶会需使用套马索对付骑兵，控制大楼要收集卫星数据解锁机关，寂海沉舟则需潜水推进器通过水域。部分区域存在扫描警戒区，触发后会遭遇增援。合理利用油桶爆炸、电网等环境伤害可提升效率。
