暗影之塔是失落的方舟中的重要挑战玩法，位于游戏各大主城的中央区域，具体可通过与主城内标有高塔字样的建筑互动进入。该玩法为单人爬塔模式，分为低阶的暗影之塔和高阶的宿命之塔两种类型，玩家需要根据自身装等选择适合的难度。进入暗影之塔前需满足战斗等级50级和物品等级302级的基本要求，且不可使用药水类道具。
暗影之塔的入口除主城直接交互外，还可通过地图右上角搜索功能定位，或在玩法界面快捷进入。塔内每层设有独立机制与奖励，通关第20层和第50层时可分别获得技能点药水，但该奖励每个远征队账号仅能获取一次。
前20层主要考验基础操作，如第1层只需打破封印石，第7层需在躲避外围攻击的同时击杀精英怪。从第14层开始难度显著提升，该层会出现自爆小兵和范围爆炸的精英兵，需要精准走位和提前引爆清场。第20层BOSS会使用黑暗遮挡地面警示区域，玩家需通过观察BOSS手部动作判断安全区域。
第48层存在沉默buff限制技能释放，可通过万能药水短暂解除状态后输出，或提前准备炸药、火焰弹等道具进行投掷攻击。而影子的印记任务要求的24层，则需在女王城或其他大城市的塔内完成对应挑战。高层挑战建议保留觉醒技能，在BOSS血量30%-40%时集中爆发输出。暗影之塔的奖励体系包含成长必需资源。除技能点药水外，还能获取巨人之心、伟大艺术品、技能符文等特殊道具，以及强化装备所需的各类材料。塔内产出的暗影岛代币等特殊货币，可用于兑换专属物品。
