指挥官技能点的分配是提升舰船战斗力的核心，其系统主要围绕四大属性类别展开：武器掌控直接提升伤害输出和武器射程，是进行各类战斗的基础；防御操作强化护盾强度、抗性及回充能力，决定了舰船的生存上限；电子工程优化能量回复速率与管理效率，影响主动装置和技能的持续使用；飞船驾驶则提升舰船航速、机动性与信号半径相关属性，关乎战场定位与撤离能力。理解这四类技能的根本作用是进行合理加点的第一步，玩家需要根据自己选择的舰船定位和作战风格，在有限的技能点中规划投资重点。
职业选择为技能加点提供了初始的方向性偏好，科学家职业天生在护盾和抗性上有优势，其主流加点方向是优先点满防御操作，成为团队中的坚固护盾，特别适合在军团战中驾驶需要承受集火的旗舰，并可适当搭配电子工程以保证护盾装置的能耗。工程师职业则侧重于能量支持，适合搭配高耗能的粒子炮或激光武器，其加点通常会围绕电子工程展开，以发挥能量充足的优势，确保高威力武器能持续开火。军人职业拥有较高的初始攻击属性，是最为常见的输出向选择，推荐优先点满武器掌控以保证前期任务和活动的清剿效率。探险家职业则更侧重于飞船驾驶相关的机动能力。
存在几种经过验证的主流思路。追求极致伤害的火力路线会选择主点甚至点满武器掌控，这种加点能最大幅度提升输出，但在生存能力上会有所牺牲。而满攻半盾是一种经典的均衡型方案，即在主点武器掌控的同时，分配足够的点数到防御操作以解锁关键的护盾技能，从而在保证火力的基础上获得可观的容错率，适应性较强。偏向团队辅助的后勤路线，则有满盾半电或满电半盾等变化，前者将防御操作点满并辅以电子工程，能成为优秀的伤害承受者；后者则强化能量恢复并兼顾护盾，适合为团队提供能量支持或护盾恢复。全速度加点专注于飞船驾驶，能获得极高的机动性，但会显著削弱输出和生存能力，通常适用于执行侦查或骚扰等特殊战术任务。
加点的过程需要具备一定的前瞻性，游戏前期由于技能点有限，推荐优先投资武器掌控和防御操作这两个直接影响战斗效率的属性，以确保能够顺利完成各类单人任务和活动。进入游戏后期或开始参与团队作战时，则需要根据舰队中的定位进行精细化调整，例如承担主力输出的战列舰可能需要继续深化武器专精，而指挥舰或电子战舰则可能要补足电子工程和飞船驾驶的相关技能。技能加点还需与科研系统相协调，因为许多高级科研项目对指挥官属性有最低要求，例如高级武器技术需要对应的武器掌控属性，高级护盾科技则需要防御操作属性达标，避免因属性点不足而卡住关键的科技研发进度。如果对初期加点不满意，游戏内提供了洗点功能，可以重置所有已分配的属性点和技能，这为玩家调整路线提供了可能，但最好在投入大量资源前做好长远规划。
