纪念碑谷第十六关核心通关思路是通过图腾搭建、轮轴调整、多场景门洞穿梭与机关触发，逐步打通空间迷宫，最终引导艾达抵达顶点并摘下帽子完成通关。
开局先聚焦场景中央的可移动方柱图腾，将其拖动至画面右侧，使图腾顶部与现有道路精准连接，让艾达顺利通过图腾方块入口进入第一个门洞。从该门洞进入后，艾达会从左下角门洞现身，此时操作深灰色模块，将艾达引导至按钮位置并触碰机关按钮，触发场景变化。启动机关后，原本横向移动的模块切换为上下移动模式，让艾达站在该深灰色模块上，向上拖动模块，将艾达送至画面上方的浅灰色平台，随后引导艾达进入该平台上的最后一个门洞。
从上述门洞穿出后，进入被遗忘的海岸第六关的第二个场景。场景中央的深灰色轮轴是核心机关，缓慢转动轮轴，通过调整角度让艾达顺利抵达对应位置，再沿既定道路向前，进入上方的门洞。该门洞的出口位于右半边建筑，从出口出来后，沿台阶向上攀爬至亭子下方，踩住此处的机关按钮，触发建筑结构变化，左侧墙面会浮现新的轮轴结构。转动该轮轴，调整深灰色桥梁的位置，使其连接左右两座建筑，随后引导艾达过桥，沿弧线进入左上方的门洞。
进入第三个场景后，需按固定顺序穿越五个门洞，依次从右下角入口进入，按照右下、右上、左上、左下、中间的路径依次穿行，通过五号门后抵达新区域。在新区域中，将场景中央的悬浮方块下拉，聚集三个小型方块，随后引导艾达沿台阶向右，进入初始门洞。艾达从上方门口出来后，触碰墙壁机关，触发地面重组，出现隐藏通路；接着从左边门洞进入，从下面门洞出来，沿台阶向下走到机关位置，踩动机关使场景开合，艾达随之来到孤岛左下角的方块区域。
从左下角门洞进入，从右下角门洞出来，门口处设有机关按钮，踩住该按钮，艾达会被“传送”至最后一个模块台阶前。沿台阶向上走，引导艾达抵达顶点位置，让其摘下帽子，即可完成第十六关的通关操作。
