侠客风云传的主线剧情主要分为六个章节，包括初始的杜康村新手阶段、洛阳城剧情、逍遥谷拜师修炼、杭州与成都的江湖历练、最终的正邪路线选择以及结局篇章。每个章节都有明确的任务目标和剧情发展，玩家需要完成特定任务才能推进主线。游戏采用多结局设计，主线剧情会根据玩家的选择产生不同分支，最终导向武林盟主、武林霸主或西域安国侯等结局。
游戏开局阶段以杜康村为起点，玩家需要完成一系列新手任务，包括打败黑店老板、收集药材等。这一阶段主要让玩家熟悉基本操作和战斗系统。随后剧情推进至洛阳城，主角与谷月轩结伴同行，遭遇下毒事件后被带回逍遥谷。拜师无瑕子后进入养成模式，通过修炼基本功和招式提升实力。这一阶段的剧情相对线性，但已开始引入多选项对话和任务分支。
中期主线集中在杭州与成都的江湖历练，玩家需要完成城市中的主线任务和支线事件。杭州剧情涉及丐帮、海沙帮等势力，成都则围绕唐门、绝刀门等门派展开。这部分剧情自由度较高，玩家可以选择不同任务顺序，但某些关键事件如成都的乞丐死亡事件会直接影响后续发展。游戏在此阶段开始明确区分正邪路线的前置条件。
后期主线进入正邪路线选择阶段，玩家需要根据前期积累的道德值、友好度等数据决定最终走向。正派路线以武林盟主为目标，需要联合各大门派；邪派路线则分为龙王线和天王线，分别以武力征服和西域建国为结局。最终章节围绕圣堂之谜展开，玩家将面对游戏中最强大的敌人并解锁结局动画。主线剧情总时长因玩家选择差异较大，但核心章节结构固定。
